主要危害茎基部，病变部位表皮腐烂，地上叶片变黄，萎蔫逐渐枯死。

植株茎基部（砧木部分）产生水渍状暗褐色病斑，并向外扩展，严重的病斑绕瓜茎一周，使茎基部缢缩，瓜蔓及营养蔓叶片高温萎蔫，最后整株萎蔫死亡。

甜瓜茎基腐病悬茎秆基部发生水渍状，脚叶逐渐变黄，基部逐渐脱皮。基部茎杆逐渐变黑。

主要危害植株靠地表的茎基部，病部初生产生水浸壮斑病，后斑病绕茎一周至植株死亡。