从南洋公学退学的大部分学生在中国教育会的帮助下组成了爱国学社，另有20多名学生在蔡元培的引荐下向马相伯求助。

是时，适逢马相伯正在筹划办学事宜。他爽快地接收了这批学生，向天主教会租用徐家汇观象台的旧屋作为校舍，并聘请了几位法国籍神父任教。如此一来，一座新式学校便宣告诞生了。

马相伯还给学校起了个响亮的名字——震旦学院。