将需要保藏的菌种，接种在适宜的斜面培养基上，菌丝长满斜面时，用硫酸纸包扎棉塞或者硅胶塞，放置在4℃的冰箱中保藏，叫做斜面（菌种）低温保藏法。由于微生物的新陈代谢活动未停止，试管内培养基易失水变干。因此，保藏时间较短，不适于长期保藏。每隔3～6个月应转管一次。

草菇菌种不耐低温，需保藏在10～12℃之间。或在草菇菌落上灌注3～4毫升的防冻剂（10%的甘油）。

当菌丝长满斜面后，在无菌条件下，用无菌橡皮塞代替棉塞，并用石蜡密封，即可在室温或冰箱中保藏。

这种方法可防止杂菌污染，隔绝氧气，避免培养基干燥，使用方便。

据测定，保藏3年的菌种生活力仍很旺盛。