利维坦大战墨菲的结局是利维坦被击败。

原因是在该剧的最后一季，对抗利维坦的团队利用了以前不为人知的武器，最终成功摧毁了利维坦的总部及其计划。

虽然利维坦被击败了，但这个故事也探讨了道德和权力的问题，令人思考社会的现状以及个人在其中的位置。