病菌以厚垣孢子在土壤中越冬，是来年发病的主要菌源。土壤、粪肥带菌传病作用大于种子。但远距离传播，种子却起了很大作用。种子发芽时病菌也萌发，从玉米幼芽或幼根侵入，以后侵入生长点，随组织分化而在植株体内扩展蔓延，当幼穗初形成时进入花芽和原始基，破坏雄穗和雌穗，产生大量黑粉。土壤干旱、温度低、玉米出苗慢有利于发病。

温度低土壤旱，玉米出苗慢有利玉米丝黑穗病发生。