引发苹果轮纹病的病原为子囊菌亚门真菌梨生囊孢壳菌。梨生囊孢壳菌以菌丝体、分生孢子器及子囊壳在被害枝干上越冬，翌年形成的分生孢子主要借风雨飞溅传播，通过果实的皮孔及气孔侵入，引发苹果轮纹病。

病原菌以菌丝体、分生孢子器及子囊壳在病部越冬，其中，病枝上越冬的病菌是该病的主要侵染源。