城铁S2线采取铁路抄的运袭营组织方式，列车为S打头为编号的车次，意为市郊铁路。每周一到周四日开行8对，周五、周六、周日、节假日及前后一天日开行12对。 各次列车停靠站点并不完全相同，除起讫站外，大部分列车均停靠八达岭站，但也有部分列车为不停站的直达列车，此外，昌平站、清河站、南口站和清华园站也会有部分列车停靠。青龙桥站主要为技术站停车。