运营复线路一号线（含南延线）制，二号线；在建线路三号线、四号线及十号线（其中奥体至安德门段为原一号线建成线）。另外即将建设S6线、南站至机场线等。南京地铁指挥部下辖地铁建设公司，负责地铁建设；地铁运营公司，负责线路运行。自身设有培训中心，培训运行维护人员。车辆检修依托浦镇车辆厂。