日俄战争后，复中国东北被日本制占领，原来由沙俄修建的中东铁路长春至旅顺段被转让给日本，改称为南满铁路。为管理铁道，1906年6月7日，以天皇的名义发布第142号敕令，公布了《南满洲铁道株式会社成立之件》，11月26日在东京正式成立南满洲铁道株式会社，资本金2亿日元，日本政府以实物投资承担一半，对民间投资则保证按年利六离分红，首任总裁为后藤新平男爵。1907年，会社总部从东京迁往大连,1907年4月 南满洲铁道株式会社开业。1932年以后满洲国成立后在满洲国首都新京设计特别本部，成为实际上的总社。