实质审查是商标注册主管机关对商标注册申请是否合乎商标法的规定所进行的检查.资料版检索.分析对权比.调查研究并决定给予初步审定或驳回申请等一系列活动。

是指行政机关不仅要对申请材料的要件是否具备进行审查，还要对申请材料的实质内容是否符合条件进行审查。

例如：无公害农产品认证程序第九条规定：“申请材料符合要求的，但需要对产地进行现场检查的，中心应当在10个工作日内作出现场检查计划并组织有资质的检查员组成检查组，同时通知申请人并请申请人予以确认。