于都拥有各类公路里程2558.15公里，其中：国道2条（91.45公里，分别为323国道和319国道），省道2条（54.24公里银于线、庄黄线），省养县道3条（93.8公里，分别为于盘线、利朱线和三门－金沙线），县道16条（377.984公里），乡道57条（528.261公里），村道724条（1505.725公里），公路密度83公里/百平方公里。基本形成了以县城为中心，以国道323线、319线、省道于银线为主骨架，县道为支架，乡村道为延伸的公路运输网络。实现市至县通二级公里水泥路，21个乡镇机关所在地通水泥(油)路和388个行政村通公路及134个行政村通水泥路，水泥砼（油）路面里程为605.79公里，占通车里程的25%。2009年G76厦蓉高速公路于都段通车。 2005年4月赣龙铁路于都境内58公里正式通车，设有于都火车站。2010年开工的赣龙铁路扩能工程途经于都，本工程建成后，与既有的赣龙铁路施行客货分行。 境内航道2条，有渡口32个，航线总里程123公里。有大型桥梁6座，即寒信大桥、水头大桥、红军大桥、长征大桥、三门大桥和新澄江大桥，总长2030.24米，2009年11月建成的渡江大桥为连接贡江两岸又一大型桥梁。