庆应义塾大学在四月份举办入学典礼，开始授课。但是部分本科院系和研究内科也可以在九容月份入学或毕业。每学年分两个学期，第一学期4月初到9月末，第二学期9月末到次年3月底。每学年有三个假期：暑假为7月底到9月底，寒假为12月底到1月初，春假为2月初到3月底。本科的修读年限是4年，医学则是6年。攻读硕士学位需2年，博士3年。