微生物污染指标指的是：水中微生物的含量。

如要求无菌的地域出现了微生物；某些地方有了不该有的某些种类的微生物；有微生物限量指标的地方或产品中微生物数量或种类超过了限量指标。

微生物限度检查应在环境洁净度10000级下的局部洁净度100级的单向流空气区域内进行。检验全过程必须严格遵守无菌操作，防止再污染。防止污染的措施。